RESUMO: A raça Pastor Alemão é uma das raças mais populares no mundo e no Brasil. O estudo da estrutura populacional por meio de informações de pedigree é uma ferramenta essencial para o entendimento da história dessa raça no Brasil. Objetivou-se com o estudo avaliar o status da diversidade genética e da estrutura populacional de cães da raça Pastor Alemão. O pedigree incluiu um total de 77.938 animais nascidos entre 1970 e 2014. O intervalo médio de geração nesta população foi de 3,91 anos. Considerando a população de referência, foram identificados 2.183 fundadores. Cerca de 3% da diversidade genética da população atual (2010-2014) foi perdida, a maior parte devido à deriva genética. O tamanho efetivo da população foi relativamente pequeno e o pedigree apresentou gargalos indicando uma perda de diversidade genética nesta raça. Esses resultados indicam a necessidade de adoção de medidas contra o aumento excessivo da endogamia e do monitoramento do tamanho efetivo da população para minimizar a perda de diversidade genética.

ABSTRACT: The German Shepherd dog breed is the most popular breed globally and in Brazil. The study of the population structure through pedigree information is an essential tool to understand the history of the Brazilian German Shepherd dog breed. This study evaluated the status of genetic diversity and population structure of the Brazilian German Shepherd dog breed. The pedigree included a total of 77,938 animals born between 1970 and 2014. The average generation interval in this population was 3.91 years. Considering the reference population, 2,183 founders were identified. Approximately 3% of the genetic diversity of the current population (2010-2014) was lost, most of which was due to genetic drift. The effective population size was relatively small, and the pedigree showed bottlenecks indicating a loss of genetic diversity in this breed. These results indicated the need to adopt measures against the excessive increase in inbreeding and monitor effective population size to minimize genetic diversity loss.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi estimar parâmetros genéticos para características relacionadas à resistência a endoparasitas em ovinos Santa Inês, para uma possível inclusão em programas de melhoramento genético de ovinos, bem como avaliar o padrão genético aditivo dos animais por meio de análises de agrupamento dos valores genéticos, para verificar se há subgrupos dentro da população que possam ser utilizados como candidatos à seleção para resistência a endoparasitas. As características estudadas foram: score Famacha, contagem de ovos fecais (FEC), volume globular (PCV), proteína plasmática total (TPP), escore de condição corporal (BCS) e peso corporal (BW). As estimativas de herdabilidade variaram de 0,17 (0,05) para TPP a 0,31 (0,07) para BCS. As análises de agrupamento com base nos valores genéticos identificaram quatro grupos. Famacha e BCS podem ser recomendados como critérios de seleção de resistência a endoparasitas hematófagos, uma vez que podem responder à seleção e são facilmente medidos. Os animais do grupo 1 apresentam grande potencial como candidatos para seleção em razão do seu padrão genético aditivo, ao se levar em consideração peso corporal e resistência ao endoparasita devido aos maiores valores genéticos para BW, BCS, PCV e TPP e aos menores valores genéticos para Famacha e FEC.

Abstract: The objective of this work was to estimate genetic parameters for traits related to resistance to endoparasites in Santa Inês sheep, for a possible inclusion in sheep breeding programs, as well as to evaluate the additive genetic pattern of the animals using cluster analyzes, in order to assess whether there are groups within the population that can be used as candidates for selection for resistance to endoparasites. The studied traits were: Famacha score, fecal egg counts (FEC), packed cell volume (PCV), total plasma protein (TPP), body condition score (BCS), and body weight (BW). Heritability estimates ranged from 0.17 (0.05) for TPP to 0.31 (0.07) for BCS. The cluster analyzes based on the breeding values identified four clusters. Famacha and BCS can be recommended as selection criteria for resistance to hematophagous endoparasites because they can respond to selection and are easy to be measured. Animals from cluster 1 have great potential as candidates for selection because of their additive genetic pattern, taking into account body weight and endoparasite resistance due to higher breeding values for BW, BCS, PCV, and TPP and lower breeding values for Famacha and FEC.

Resumo: O objetivo deste trabalho foi estimar o efeito da endogamia sobre a produção de leite e sua persistência durante a lactação, em bovinos Gir leiteiro, bem como determinar o impacto de se considerar ou não o efeito da endogamia na avaliação genética dessa característica. Utilizaram-se 89.490 registros de produção no dia do controle, de 11.675 vacas em primeira lactação. O coeficiente e o incremento de endogamia individuais e o número equivalente de gerações completas de cada indivíduo foram computados. A depressão por endogamia foi estimada pela inclusão do efeito do incremento individual de endogamia, em um modelo de regressão aleatória. As soluções para a depressão por endogamia, de acordo com a classe de incremento individual de endogamia e a quinzena da lactação, variaram entre -1,238 e -0,135 kg, o que indica a redução da produção de leite com o aumento da endogamia. Em níveis mais elevados, a endogamia reduziu a persistência da produção de leite. A inclusão do efeito da endogamia no modelo de avaliação genética não afetou as estimativas de parâmetros genéticos e, praticamente, não alterou a predição dos valores genéticos e a classificação dos animais. Pode-se incluir o efeito da endogamia no modelo estatístico para a avaliação genética da característica produção de leite.

Abstract: The objective of this work was to estimate the effect of inbreeding on milk yield and its persistency during lactation, in Gyr dairy cattle, as well as to determine the impact of considering or not the effect of inbreeding on the genetic evaluation of this trait. Test-day records (89,490) for milk yield from 11,675 dairy cows at first lactation were used. The individual inbreeding coefficient, the individual increase of inbreeding, and the number of equivalent complete generations of each individual were computed. Inbreeding depression was estimated by including the effect of individual increase of inbreeding in a random regression model. The solutions for inbreeding depression, according to the class of individual increase of inbreeding and stage of lactation, ranged between -1.238 and -0.135 kg, which indicates a reduction of milk yield with the increase of inbreeding. At higher levels of inbreeding, the persistence of milk yield was reduced. The inclusion of the inbreeding effect in the genetic evaluation model did not affect the genetic parameter estimates, with practically no change of the predicted breeding values and rank of animals. The inbreeding effect can be included in the statistical model for the genetic evaluation of milk yield.

O objetivo deste trabalho foi determinar a estrutura populacional e os efeitos causados pela endogamia, em um rebanho fechado da raça Nelore da linhagem Lemgruber. O arquivo de pedigree avaliado incluiu registros de 39.290 animais, 17.646 machos e 21.644 fêmeas, nascidos entre 1951 e 2007. A estrutura da população foi analisada com uso dos programas Poprep e Endog, tendo-se determinado algum nível de endogamia em 61,82% dos animais. O valor do F médio foi 3,02% para toda a população e 4,89% para os animais endogâmicos; e o F máximo foi de 37,5%. O número de ancestrais que contribuiu para a população referência foi 2.380 animais, dos quais apenas sete explicam 50% da variabilidade genética da população. O número efetivo de fundadores (Nf) e o número efetivo de ancestrais (Na) nessa população foram 25 e 21, respectivamente. O incremento esperado de endogamia, causado pela contribuição desequilibrada dos fundadores, foi de 1,62%. A estrutura populacional do rebanho apresenta envelhecimento dos reprodutores, com consequente aumento no intervalo de gerações, além de um contínuo incremento de endogamia e alta percentagem de indivíduos endogâmicos, fatos que comprometem o ganho genético anual e que devem merecer maior atenção dos selecionadores.

The objective of this work was to determine the population structure and the effects caused by inbreeding in a closed herd of Nellore cattle of the Lemgruber line. The pedigree file included records of 39,290 animal, 17,646 males and 21,644 females, born between 1951 and 2007. The population structure was analysed using the software Poprep and Endog, which resulted in some level of inbreeding for 61,82% of the animals. The average F value was 3.02% for the whole population and 4.89% for the inbred animals; and F maximum value was 37.5%. The number of ancestors that contributed to the reference population was 2,380 animals, from which only seven explained 50% of the genetic variability of the population. The effective number of founders (Nf) and the effective number of ancestors (Na) in this population were, respectively, 25 and 21. The expected increase of inbreeding, caused by the unbalanced contribution of founders, was 1.62%. The herd populational structure shows the aging of the breeders, with a consequent increase of the generation´s interval, as well as a continuous increase of inbreeding and a high percentage of inbred individuals. Such facts compromise the annual genetic gain and should deserve a closer attention from breeders.

O objetivo deste trabalho foi estimar funções de covariância para a produção de leite no dia do controle (PLDC). Foram analisados 27 mil registros de PLDC de 3.362 primeiras lactações de vacas da raça Gir leiteira, paridas entre 1990 e 2007. As PLDC foram agrupadas em vinte classes quinzenais, analisadas por modelos de regressão aleatória, cujos efeitos aleatórios, genético-aditivo e de ambiente permanente foram modelados pelas funções de Wilmink (W) ou Ali & Schaeffer (AS). A modelagem da variância residual (VR) foi ajustada por meio de 1, 4, 6 ou 10 classes. As estimativas de herdabilidade para a PLDC variaram de 0,12 a 0,32, para a função AS, e de 0,09 a 0,33, para a função W, e foram maiores ao início da lactação. As correlações genéticas entre as PLDC decresceram de valores próximos à unidade, entre controles adjacentes, para valores negativos entre as PLDC da primeira e duas últimas quinzenas da lactação. O modelo que empregou a função AS com quatro classes de VR é uma opção parcimoniosa para o ajuste das PLDC de vacas Gir leiteira no Brasil.

The objective of this work was to estimate covariance functions for test-day milk yield (TDMY). Twenty-seven thousand TDMY records of 3,362 first lactations of Gir cows calving between 1990 and 2007 were analyzed. The TDMY data were grouped in 20 biweekly classes, analyzed by random regression models, whose random, additive-genetic and permanent environment effects were fitted by Wilmink's (W) or Ali & Schaeffer's (AS) functions. The residual variance (VR) modelling was fitted by 1, 4, 6, or 10 classes. The heritability estimates for TDMY varied from 0.12 to 0.32 for the AS function, and from 0.09 to 0.33 for W function, and were larger in the begining of the lactation period. The genetic correlations decreased from near unity, among adjacent TDMY values, to negative values between the first and the two last quarters of lactation. The model using the AS function with four VR classes, is a parsimonious option for the TDMY fitting of Gir cows in Brazil.

Registros de animais da raça Large White foram usados para estimar componentes de variância, parâmetros e tendências genéticas para a característica número total de leitões nascidos (NLT) como medida do tamanho de leitegada. Na obtenção dos componentes de variância e parâmetros genéticos, foi utilizado o método da Máxima Verossimilhança Restrita, por meio do programa MTDFREML. Foram avaliados dois modelos mistos (aditivo e de repetibilidade). O modelo aditivo continha efeito fixo de grupo contemporâneo e os seguintes efeitos aleatórios: genético aditivo direto e residual para o primeiro parto. O modelo de repetibilidade continha os mesmos efeitos do modelo aditivo mais o efeito fixo de ordem de parto e o efeito aleatório não-correlacionado de ambiente permanente do animal para o segundo, terceiro e quarto parto. As estimativas de herdabilidades aditivas diretas para NLT foram de 0,15 e 0,20 para os modelos aditivo e de repetibilidade, respectivamente. A estimativa da razão entre a variância do efeito não-correlacionado de ambiente permanente do animal e a variância fenotípica, expressa como proporção da variância total (c2), foi de 0,09. As estimativas de tendências genéticas anuais obtidas nos modelos aditivos e de repetibilidade têm comportamentos similares (em torno de 0,02 leitão/fêmea/ano).

Records of Large White breed animals were used to estimate variance components, genetic parameters and trends for the character total number of born piglets (TNBP) as measure of litter size. For obtaining variance components and genetic parameters, it was used the Restricted Maximum Likelihood Method using MTDFREML software. Two mixed models (additive and repeatability) were evaluated. The additive model contained fixed effect of the contemporary group and the following random effects: direct additive genetic and residual effect for the first parturition. Repeatability model had the same effects of the additive model plus parturition order fixed effect and non-correlated animal permanent environment random effect for the second, third and forth parturition. Direct additive heritability estimates for TNBP were 0.15 and 0.20 for the additive and repeatability models, respectively. The estimate of the ration among variance of the non-correlated effect of animal permanent environment effect and the phenotypic variance, expressed as total variance proportion (c2) was 0.09. The estimates of yearly genetic trends obtained in the additive and repeatability models have similar behaviors (0.02 piglets/sow/year).

Com o objetivo de estimar parâmetros genéticos para a idade ao primeiro parto, perímetro escrotal e características do sêmen e avaliar a tendência genética da idade ao primeiro parto para animais da raça Gir Leiteira, foram analisadas medidas de 7.055 fêmeas e 97 machos de diversos rebanhos brasileiros. Os componentes de covariância foram estimados utilizando-se o método da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal, em análises unicaracterísticas. O modelo para características do sêmen incluiu os efeitos fixos central-ano-época de coleta de sêmen, idade à coleta como covariável, efeitos linear e quadrático. Para o perímetro escrotal, foram incluídos os efeitos fixos de ano do nascimento, classe de idade à medição do perímetro e central de inseminação. Para idade ao primeiro parto, foram incluídos os efeitos fixos de rebanho-ano-estação de nascimento e os efeitos aleatórios de animal e residual. As herdabilidades para perímetro escrotal e idade ao primeiro parto foram, respectivamente, 0,37 e 0,22. A tendência genética da idade ao primeiro parto foi significativa, com valor estimado de -0,018 mês/ano, e mostra que praticamente não houve progresso genético nessa característica ao longo dos anos estudados. As correlações genéticas obtidas em análises bicaracterísticas entre perímetro escrotal com volume, concentração, vigor, motilidade, defeitos maiores, menores e totais, número de doses, número total de espermatozoides viáveis e idade ao primeiro parto foram de 0,33; 0,22; 0,91; 0,86; -0,07; -0,03; -0,04; 0,30; 0,23 e -0,37, respectivamente. Esses resultados sugerem melhorias na eficiência reprodutiva de fêmeas quando utilizados nos rebanhos touros com maior perímetro escrotal.

This work aimed to estimate genetic parameters for age at first calving, scrotal circumference, and seminal traits, and to evaluate genetic trend for age at first calving for dairy Gyr breed animals by analyzing data of 7,055 females and 97 males from several Brazilian herds. Covariance components were estimated by using the restricted maximum likelihood method under animal model in univariate analyses. The model for seminal traits included the company-year-season of semen collection fixed effects, age at the collection as a covariate, linear and quadratic effects. For scrotal circumference, it was included year of birth, age class at measurement, and insemination company fixed effects. For age at first calving, it was included herd-year-season of birth fixed effects and animal and residual random effects. The heritabilities for scrotal circumference and age at first calving were, respectively, 0.37 and 0.22. The genetic trend of age at first calving was significant, with estimated value of -0.018 month/year and it shows that genetic progress in this trait practically did not occur over the studied years. The genetic correlations from bivariate analyses among scrotal circumference with volume, concentration, vigor, motility, major, minor, and total defects, number of doses, total number of feasible spermatozoid and age at first calving were 0.33, 0.22, 0.91, 0.86, -0.07, -0.03, -0.04, 0.30, 0.23 and -0.37, respectively. These results suggest improvements in reproductive efficiency of females when they are used in herds with bulls with greater scrotal circumference.

O objetivo deste trabalho foi determinar parâmetros genéticos relacionados a características morfológicas e suas correlações genéticas com a produção de leite, em vacas da raça Gir. Utilizaram-se 3.805 registros provenientes de 2.142 vacas. O modelo utilizado na análise de características morfológicas continha os efeitos fixos de rebanho, ano e estação de classificação, estádio da lactação e idade da vaca à classificação, além da identificação do classificador. Quanto à produção de leite, foram incluídos no modelo os efeitos fixos de rebanho, ano e estação de parição e idade da vaca ao parto. Os parâmetros genéticos foram obtidos por meio do aplicativo REMLF90. As estimativas de herdabilidade variaram de 0,09 a 0,54. A variabilidade genética aditiva da maioria das características é suficiente para que ganhos genéticos anuais significativos possam ser alcançados com o processo de seleção. As correlações genéticas entre as características morfológicas variaram de baixas a altas e, entre elas e a produção de leite, de baixas a moderadas. Altas correlações genéticas entre algumas características morfológicas implicam a possibilidade de exclusão de algumas delas do programa de melhoramento genético da raça Gir, no Brasil. As correlações genéticas entre produção de leite e algumas características morfológicas indicam que estas podem ser utilizadas na formação de índices de seleção.

The objective of this work was to determine genetic parameters related to morphological traits and their genetic correlation with milk yield of Gir breed cows. A total of 3,805 records from 2,142 cows was used. For morphological trait analysis, the used model included the herd fixed effects, classification year and season, lactation phase and animal age at evaluation, besides the classifier identification. For milk yield, the fixed herd effects, year and season of calving and cow age at calving were included in the model. The genetic parameters were estimated using the REMLF90 software. The heritability estimates varied from 0.09 to 0.54. The additive genetic variability of the majority of traits is sufficient to achieve significative annual genetic gain by selection practices. The genetic correlations among morphological traits varied from low to high and, between them and milk yield, from low to moderate. High genetic correlations among some morphological traits implies on the possibility of exclusion of some of them from the breeding program, for Gir breed in Brazil. The genetic correlations between milk yield and some morphological traits indicate that they may be used in the formation of selection indexes.